特殊门诊办理流程如下：经市专家委员会评审通过的特殊门诊申请人在下个季度第一个月5个工作日以后，携带《医保手册》到市医疗保险处领取《特殊病种门诊专用病历》，评审通过者从当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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