生育津贴大于工资时，超出部分应退回。依据《劳动法》等相关法律，生育津贴为生育期间保障，超出工资部分属医疗生育费用。不及时退回，可能影响企业财务合规及员工个税缴纳。
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生育津贴超工资需退回。操作如下：1. 核实生育津贴与工资差额；2. 与员工沟通，说明退回原因及法律依据；3. 签订退款协议，明确退款金额及方式；4. 财务处理，确保退款及时到账；5. 记录并存档，以备后续查阅。
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处理生育津贴大于工资问题，常见方式为退回超出部分。选择时，应依据公司规定及与员工沟通结果，确保合法合规，同时考虑员工感受，避免劳动争议。