公司扣工资补偿事故损失有一定合理性，但需依法操作。根据《工资支付暂行规定》，单位可要求司机赔偿并从工资中扣除，但每月扣除不得超过工资的20%，且不得低于最低工资标准。若违规扣除，将影响员工基本生活，可能引发劳动争议。
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公司扣工资需依法。操作方式：1.与公司沟通，了解扣工资的具体原因和依据；2.查阅公司规章制度和劳动合同，确认是否有相关约定；3.若公司违规扣除，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；4.保留好相关证据，如工资条、事故认定书等，以备不时之需。
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处理此问题常见方式为协商或法律途径解决。应先与公司协商，明确赔偿金额及扣除方式。若协商无果，可通过劳动仲裁或诉讼维护自身权益，确保赔偿合法合理。