首先，关于您2000年买的房子现在要办不动产证时土地出让金该如何交纳的问题，这需根据当地的具体政策和规定来确定。一般而言，交纳土地出让金是办理房产证的一个环节，但并非唯一条件。法律依据：《土地出让金缴纳相关规定》及当地房产证办理流程政策。交纳土地出让金是办理房产证流程中的一部分，但还需满足其他条件，如提供所需材料、进行产权登记等。若不及时处理，可能影响房产证的办理进度，甚至导致无法合法拥有房产产权。
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关于您办不动产证时土地出让金交纳的疑问，首先需明确，这不是唯一步骤。接下来，根据不同情况，处理方式有所不同：1.若当地有特定政策规定土地出让金交纳标准，则按规定执行；2.若需提交特定材料，如户主身份证、销售发票等，则按要求准备；3.进行产权登记时，注意核对所有材料是否齐全，避免遗漏；4.若开发公司代为办理，需确保其提供公司盖章的证明书，以保证办理流程的合法性。
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从法律角度来看，处理您所提问题的方式主要有：一是咨询当地房地产交易中心或相关部门，了解具体的土地出让金交纳政策及流程；二是准备所需材料，如户主身份证复印件、销售发票等，按照房产证办理流程逐步进行。在选择处理方式时，应考虑当地政策差异，建议咨询官方机构以获取最准确的信息。