公司因缺卡一次扣全勤不合法，可维权。依据《劳动法》，用人单位不得无故克扣工资。若被扣，可能面临工资损失及权益受损的严重后果。
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缺卡被扣全勤可维权。操作如下：1.与用人单位沟通，要求返还被扣工资；2.若沟通无果，收集证据，如工资条、考勤记录；3.向当地劳动监察部门投诉举报，提交证据材料；4.等待处理结果，必要时可申请劳动仲裁。
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维权方式有投诉举报、协商等。建议先与用人单位沟通协商，若无果则向劳动监察部门投诉举报，以维护自身合法权益。